La Fondazione Mezzogiorno Sud Orientale nasce nel luglio 2003 per atto del notaio Dr.ssa Teresa Castellaneta in Bari da una iniziativa congiunta del sistema confindustriale, sistema delle Camere di Commercio, di Banca OPI, Monte dei Paschi di Siena, nell'ambito di un più vasto programma finalizzato alla costituzione di Fondazioni nelle regioni dell'Italia Meridionale che costituiscano un network coordinato da un'unica regia a livello nazionale.

Sono soci fondatori: Confindustria Puglia, Confindustria Basilicata, Ance Puglia, le Associazioni degli industriali delle province di Brindisi, Foggia, Lecce e Taranto, Unioncamere Basilicata, Camera di commercio di Brindisi e Foggia, la Banca San Paolo IMI - Banco di Napoli nonché la Banca Monte dei Paschi di Siena.

La Fondazione ha per scopo la promozione dello sviluppo economico e del benessere sociale nel Mezzogiorno Sud Orientale.

Per il conseguimento del proprio scopo la Fondazione opererà in Aree qualificate "Obiettivo 1" di cui all'art.3 del Regolamento (CE) n.1260 del Consiglio della Comunità Europea del 21/6/1999, destinatarie degli interventi programmati ed identificati nel P.O.R. della Puglia e della Basilicata 2007-2013 nonchè nei relativi Programmi di Sviluppo, attraverso il sostegno delle attività nel campo della progettazione e promozione di attività per la realizzazione di opere, servizi reali e servizi finanziari complessi  nei settori:

 Infrastrutturale;

 Industriale;

 Turistico;

 Riqualificazione territoriale.